Acreditación de la deducción por actividades de I+D+i en el Impuesto sobre Sociedades y protección de la confianza legítima

En dos resoluciones de 17 de julio de 2025 (RG 5685/2024 y 1267/2025), emitidas para la unificación de criterio, el Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) ha clarificado la forma de aplicación de la deducción por actividades de investigación, desarrollo e innovación tecnológica (I+D+i) contenida en el artículo 35 de la Ley 27/2014, del Impuesto sobre Sociedades, disipando asimismo la incertidumbre generada a raíz del cambio de criterio en la doctrina de la Dirección General de Tributos.

La controversia jurídica planteada se centra en determinar si es posible acreditar el derecho a aplicar la deducción mediante su consignación ex novo como deducción pendiente de aplicación en la declaración tributaria de un período impositivo distinto al de su generación o si, por el contrario, debe exigirse su consignación en el período impositivo de su generación, ya sea tras un procedimiento de comprobación o en virtud de una solicitud de rectificación.

Sobre esta cuestión, la Dirección General de Tributos en distintas consultas vinculantes (V 802-2011, V0297-2012, V2400-2014) mantuvo inicialmente una posición favorable a la aplicación de la deducción por I+D+i en las autoliquidaciones del Impuesto sobre Sociedades sin exigir que el citado crédito fiscal estuviera consignado en la autoliquidación del período impositivo en que se produjeron los gastos que conformaban la base de la deducción. De este modo, entendía que la cuantía de la deducción generada en un determinado período impositivo, pero no consignada, podría aplicarse, aun cuando dicho período impositivo estuviera prescrito, en los períodos impositivos que concluyesen dentro del plazo de los 18 años a contar desde la finalización del período impositivo en que se produjeron los gastos correspondientes, siempre que se justificase su procedencia y cuantía de acuerdo con el artículo 105 de la Ley General Tributaria.

Sin embargo, el órgano consultivo cambió expresamente su criterio previo en las consultas vinculantes V1510 y V1511, de 24 de junio de 2022, por entender que la doctrina contenida en las resoluciones del TEAC de 23 de marzo de 2022 (RG 514/2020 y RG 4379/2018) referidas a las deducciones por doble imposición internacional e interna era también aplicable a la deducción por actividades de I+D+i. En aquellas resoluciones, el Tribunal Central concluyó que tales deducciones por doble imposición debían acreditarse mediante su inclusión en la declaración del período impositivo de generación, no siendo posible consignarlas ex novo en un período impositivo posterior. Con el nuevo criterio, más restrictivo, de la Dirección General de Tributos se impedía la acreditación de las deducciones correspondientes a ejercicios prescritos y se endurecía su aplicación en el resto de los casos. Este criterio se reiteró en la contestación a la consulta vinculante V1718-24, de 11 de julio.

Pues bien, en las resoluciones de 17 de julio de 2025, el Tribunal Central comparte con la Dirección General de Tributos que el criterio mantenido en sus resoluciones de 23 de marzo de 2022 es aplicable asimismo a la deducción por I+D+i del Impuesto sobre Sociedades. En consecuencia, la respuesta del TEAC a la controversia planteada es que la acreditación del derecho a aplicar la deducción por actividades de I+D+i en el Impuesto sobre Sociedades «sólo puede realizarse mediante la inclusión de su importe en la autoliquidación correspondiente al período impositivo en el que se genera o mediante su reconocimiento en tal período en una autoliquidación administrativa, ya sea tras un procedimiento de comprobación o en virtud de una solicitud de rectificación de la autoliquidación de dicho ejercicio, presentada en el plazo legalmente previsto en la Ley General Tributaria y su normativa de desarrollo».

Con ello, apunta el Tribunal Central, no se contradice la Sentencia del Tribunal Supremo de 24 de octubre de 2023 (rec. 6519/2021) en la que, si bien se reconoció al contribuyente el derecho a incluir en la base de la deducción por I+D+i del período impositivo 2009 los gastos incurridos en períodos previos —en consideración a la doctrina inicial de la Dirección General de Tributos—, el Alto Tribunal no analizó con carácter general la licitud de exigir como requisito sustancial para aplicar la deducción que su importe hubiera sido previamente consignado.

Ahora bien, a efectos de dar una respuesta adecuada a la controversia jurídica suscitada, el Tribunal Central también tiene en cuenta la incidencia de dos criterios sucesivos y opuestos de la Dirección General de Tributos sobre el principio de protección de la confianza legítima, pronunciándose en contra de la aplicación retroactiva del último criterio del órgano consultivo por ser desfavorable para los contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades.

La publicación de la consulta V1511, de 24 de junio de 2022, determinó que cesara desde esa fecha el halo de confianza legítima que la Administración tributaria, a través de la Dirección General de Tributos, había creado en los contribuyentes en su contestación en consultas vinculantes anteriores. Esa fecha ha de ponerse en relación con el momento en el que los contribuyentes del Impuesto presentan las autoliquidaciones de los distintos períodos impositivos en que se generan las deducciones por I+D+i, pues es entonces cuando se materializa la decisión del contribuyente afectada por el cambio de criterio de la Dirección General de Tributos. Por tanto, el momento de presentación de la autoliquidación constituye el referente temporal en la determinación de la confianza legítima del contribuyente (en sentido análogo, Resolución de 23 de marzo de 2022, RG 4189/2019). Así las cosas, el Tribunal Central diferencia los siguientes supuestos:

—        Para los períodos impositivos en que la autoliquidación se presente con posterioridad al 24 de junio de 2022 en que se produce el cambio de criterio de la Dirección General de Tributos  (con carácter general, períodos impositivos de 2021 y siguientes cuando coincidan con el año natural), «si las autoliquidaciones se presentaron sin consignar la deducción generada en dichos períodos, los contribuyentes deberán instar la correspondiente rectificación de dichas autoliquidaciones sin poder invocar que la Dirección General de Tributos les había generado confianza legítima de la inexigibilidad de su previa consignación, puesto que ya al tiempo de autoliquidar no era conforme a derecho que actuaran siguiendo un criterio administrativo que había sido superado».

—        En relación con los períodos impositivos cuya autoliquidación se presentó con anterioridad al cambio de criterio (en principio, ejercicios coincidentes con el año natural previos a 2021), la relevancia de la confianza legítima como corolario del principio de seguridad jurídica ha de proteger la decisión de no consignar la deducción no pudiendo la exigencia postrera de tal consignación erigirse en un requisito sobrevenido que prive de la efectiva deducción a quienes ajustaron su actuación al criterio administrativo vigente en el momento de presentar su autoliquidación. Por tanto, la posterior aplicación de la deducción que se hubiera generado en tales períodos impositivos, con independencia de que se encuentren o no prescritos en la fecha del cambio de criterio operado por la Dirección General de Tributos, no exige su previa consignación en tal período de generación. De esta forma, el TEAC se aparta —y así lo recalca expresamente— de la conclusión final de la Dirección General de Tributos en las consultas vinculantes V1511-2022 y V1718-24, en las que se oponía a la rectificación de las autoliquidaciones de períodos impositivos prescritos.

Los criterios establecidos en estas resoluciones, vinculantes para los tribunales económico-administrativos y para el resto de la Administración tributaria —incluida la Dirección General de Tributos—, clarifican la posición administrativa sobre la forma de aplicar la deducción por I+D+i del Impuesto sobre Sociedades y solventan la inseguridad jurídica generada tras el cambio de criterio del órgano consultivo. En aplicación del principio de protección de la confianza legítima, quienes actuaron conforme al criterio anterior y presentaron su autoliquidación antes del 24 de junio de 2022 podrán acreditar ex novo y aplicar la deducción en autoliquidaciones de ejercicios posteriores, aunque no la hubieran declarado en su autoliquidación correspondiente al ejercicio de generación, ni hayan instado formalmente su rectificación. En cambio, los contribuyentes que hayan presentado su autoliquidación después del 24 de junio de 2022 deberán consignar la deducción en la autoliquidación del ejercicio de generación. De no hacerlo, solo cabrá la rectificación de la autoliquidación dentro del plazo de prescripción. Todo ello refuerza la importancia de una correcta consignación de las deducciones por I+D+i en el Impuesto sobre Sociedades.